In der langen und im wahrsten Sinne des Wortes bewegten Geschichte dieses Gotteshauses hat es viele Veränderungen gegeben, nicht nur bauliche sondern auch örtliche, was sicher einzigartig unter den Kirchen der Stadt Wien ist. Bis 1906/07 stand dieser Sakralbau nämlich an der Mariahilferstraße und erst seit 1907 befindet er sich an seinem heutigen Platz in der Windmühlgasse.
Ursprung der Kirche
1290 wird die Laimgrube erstmals erwähnt.
1343 erste urkundliche Erwähnung einer Bürgerspitalskapelle zu Ehren der Heiligen Theobald und Katharina.
1349 gründet Johanna von Pfirt hier ein „adeliges Spital oder Seelenhaus“
1354 wird das Spital durch Rudolf IV., den Stifter, in ein Frauenkloster umgewandelt
1451 Johannes Capistran gründet in diesem Gebäude das erste österreichische Franziskanerkloster
1529 werden bei der erste Türkenbelagerung Kirche und Kloster zerstört.
1621 Ratsherr Ulrich Khertenkalch errichtet eine Kapelle zu Ehren des Hl. Theobald.
1661 die Beschuhten errichten wieder ein Kloster.
1683 während der zweiten Türkenbelagerung werden Kloster und Kapelle wieder zerstört.
Geschichte der heutigen Kirche:
1687 wird das Kloster wieder aufgebaut.
1733 erhält die Kirche erst ihre barocken Türme mit den zwiebelförmigen Turmhelmen. Aus dieser Zeit stammt auch beinahe die gesamte barocke Inneneinrichtung der heutigen Kirche.
1783 wird aus der Kirche St. Josef auf Anordnung Kaiser Josefs II. eine Pfarrkirche.
1797 wird die Karmeliter-Niederlassung aufgehoben.
1804 wird aus dem Klostergebäude eine Besserungsanstalt für jugendliche Adelige.
1828 findet am 24. November die Hochzeit von Joseph Lanner (1801-1843) mit Franziska Jahus in der Laimgrubenkirche statt.
1856 erbittet Kardinal Josef Othmar von Rauscher, das leerstehende Klostergebäude von Kaiser Franz Josef I., um darin ein Knabenseminar einzurichten.
1881 wird das Knabenseminar nach Hollabrunn verlegt und die Gemeinde Wien wandelt das Klostergebäude in ein Polizeigefangenenhaus um.
1905 kommt es zu einer Vereinbarung mit der Gemeinde Wien, dass die Laimgrubenkirche als Stilkopie an einem weniger verkehrsbehindernden Platz neu gebaut werden soll.
1906 Grundsteinlegung für die Kirche am 5. Mai an ihrem heutigen Platz in Anwesenheit von Kaiser Franz Josef I.
1907 feierliche Weihe des neuen Gotteshauses am 5. Oktober.
1972 wird mit dem Umbau der Krypta begonnen.
1999 bricht am 12. Juli ein Brand in der Kreuzkapelle hinter dem Chor aus.
2000 findet die offizielle Wiedereröffnung der Kirche durch die Pfarrgemeinde statt.